ODTÜ İşletme Bölümü doktora programları, seçtiği alanda en ileri araştırmaları yapabilecek akademisyenler yetiştirmeyi amaçlar. İşletme Bölümü’nde iki farklı doktora programı bulunmaktadır: Finans ve Nicel Karar Yöntemleri. Bu iki doktora programında araştırma yöntemleri dersleri (Uygulamalı Regresyon Analizi, Uygulamalı Çok-Değişkenli Analiz, Uygulamalı Zaman Serisi ve Panel Veri Analizi) ve lisansüstü seviyedeki Mikroekonomi dersi ortak olarak alınmaktadır. Bu dersler öğrencilerin görgül ve teorik araştırma yapabilmek için ihtiyaç duydukları temel yapıyı kurar. Ortak derslerin yanı sıra, Finans doktora programında dört seminer dersi sunulmaktadır: (1) Finans Teorisi, (2) Yatırımlar ve Piyasalar, (3) Finansal Kurumlar ve (4) Finansta Görgül Yöntemler. Bu dört ders, çoğunlukla finans literatüründeki güncel teorik ve görgül tartışmalar üzerinden finans teorisini anlamak için temel oluşturur. Benzer şekilde, ortak alınan derslerin yanı sıra Nicel Karar Yöntemleri doktora programında da iki seminer dersi sunulur: (1) Karar Bilimlerinde Teoriler ve (2) Karar Bilimlerinde Deneysel Tasarım. Bu derslere ek olarak ODTÜ’nün diğer bölümlerinden alınan seçmeli dersler sayesinde karar teorisi alanında sağlam bir temel oluşturulması amaçlanır.